2D Gel Matching

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CAROL program

Dieses von der DFG geförderte Projekt wird gemeinsam vom Institut für Informatik der FU Berlin und dem Deutschen Herzzentrum Berlin bearbeitet. Gegenstand der Untersuchung sind 2-dimensionale Gelbilder, die durch hochauflösende Gelelektrophorese-Techniken erzeugt werden.

Jeder Spot in einem so erzeugten Gelbild repräsentiert ein in der Probe auftretendes Protein. Eine Bestimmung der einzelnen Proteine in einem Gelbild ist durch Mustervergleiche mit Gelbildern, in denen den Spots bereits Proteine zugeordnet wurden, möglich. Bisher basieren diese Mustervergleiche zu großen Teilen auf der genauen (und zeitaufwendigen) Betrachtung durch erfahrene Spezialisten.

Zielstellung des Projektes ist es, auf der Grundlage bekannter Verfahren zum Point Pattern Matching aus der Algorithmischen Geometrie neue Algorithmen für das Gel-Matching zu entwickeln, sowie der Aufbau und die Verwaltung einer 2D-Gel Protein Datenbank.

Der bisherige Stand des als Applet realisierten Gel Matching-Programms CAROL kann mit einem Java-fähigen Browser angesehen werden. Das Applet ist noch in der Entwicklungsphase, weshalb es noch nicht die volle Funktionalität hat und nicht immer lauffähig ist. Deshalb bitten wir darum, mögliche Fehler zu entschuldigen und das Applet gegebenenfalls zu einem späteren Zeitpunkt anzusehen.